Se crea la Escuela subalterna de Veterinaria de Córdoba, rubricada por Isabel II. La Escuela se estableció en el edifico del hospicio viejo, antiguo convento ubicado en la calle Encarnación Agustina. El primer curso se inicia el 1 de noviembre de 1848, con D. Enrique Martin Gutiérrez como Director y 13 alumnos matriculados más algunos oyentes. La promoción de los primeros alumnos de Córdoba matriculados en 1848 fue aprobada íntegramente en 1852. En un nuevo reglamento de 14 de octubre de 1857, derivado de la Ley Moyano, se sustituye el calificativo de Subalternas de las Escuelas de Veterinaria por el de Profesionales. Posteriormente, en el periodo del Plan Gordon Ordás (1931) recibe la categoría de Escuela Superior Veterinaria.
En el año 1941 se realiza el traslado al edificio Neomudéjar de la calle Medina Azahara y posteriormente, la Ley de 29 de julio de 1943 eleva el rango a Facultad de Veterinaria. El primer decano sería el profesor Germán Saldaña Sicilia, director hasta 1943. Destaca la labor de uno de los maestros clásicos, D. Rafael Castejón y Martínez de Arizala, como director de la Escuela Superior Veterinaria en los años de la República. Entre 1955 y 1966 es decano de la Facultad D. Gumersindo Aparicio, catedrático de Zootecnia y uno de los principales valedores de los estudios veterinarios de Córdoba. El 25 de febrero de 1966 el Ayuntamiento de Córdoba acuerda otorgar la medalla de oro a la Facultad de Veterinaria. En 1972-73 se crea la Universidad de Córdoba, incorporándose la Facultad de Veterinaria a ésta, y desvinculándose de este modo de la Universidad de Sevilla. Por su parte, el grado de Ciencia y Tecnología de los Alimentos se incorpora a la Facultad en el año 1989.